Лаборатория трансляционных исследований и персонализированной медицины

Лаборатория трансляционных исследований и персонализированной медицины была организована в апреле 2013 года. Деятельность лаборатории ориентирована на научные исследования в области персонализированной онкологии, имплементацию научных результатов в разработку продукта, а также на образовательную деятельность. В фокусе научных интересов лаборатории находится изучение причинно-следственных связей между мутациями и изменением экспрессионного профиля опухолей, а также фенотипическим проявлением этих изменений; исследование механизмов устойчивости к противоопухолевым лекарственным препаратам.

Лаборатория занимается разработкой клинико-диагностической платформы для персонализированного подбора наиболее эффективной терапии рака, не имеющей аналогов в мире. В ходе реализации проекта будет создана и введена в клиническую практику диагностическая платформа, которая позволит врачам назначать максимально эффективную терапию с учетом индивидуальных особенностей каждого пациента на основе генетических и экспрессионных биомаркеров.

.

Сервисы лаборатории

  1. Генетическое тестирование на наличие известных генетических биомаркеров, признанных в современной онкологии, таргетное секвенирование, экспрессионное профилирование.
  2. Предсказание эффективности действия противоопухолевых препаратов, подбор наиболее эффективной терапии на основании генетического тестирования и определения экспрессионного профиля опухоли, стратификация пациентов по их предполагаемому ответу на терапию.
  3. Биоинформационные исследования: создание биологической сети белок-белковых взаимодействий нового поколения, интегрированный анализ OMICs-данных, создание базы данных предиктивных биомаркеров для персонифицированной терапии опухолевых заболеваний, анализ молекулярных основ устойчивости к лекарственным препаратам.
  4. Подготовка магистров, аспирантов.

Сотрудники

Никольская Татьяна Анатольевна - Заведующая лабораторией, кандидат биологических наук

Серебрийская Татьяна Сауловна - Старший научный сотрудник, кандидат биологических наук

Хмелькова Дарья Николаевна - научный сотрудник

Зверева Светлана Дмитриевна - научный сотрудник, кандидат биологических наук

Кирюхина Наталья Александровна - младший научный сотрудник, кандидат биологических наук

Кузькина Наталия Викторовна - младший научный сотрудник

Оборудование

  1. Ion Torrent Proton
    Назначение: секвенирование ДНК, РНК
    Описание: Прибор основан на системе полупроводникового секвенирования.
    Основные области применения:
    • повторное секвенирование больших геномов (человека, млекопитающих, рыб, птиц, растений и т.д.)
    • SNP, структурных перестроек и вариаций,
    • полногеномное генотипирование.
  2. Ion Torrent PGM
    Назначение: секвенирование ДНК, РНК
    Описание: Прибор основан на системе полупроводникового секвенирования.
    Основные области применения:
    • cеквенирование небольших геномов,
    • анализ ампликонов,
    • изучение экспрессии генов,
    • анализ результатов ChIP-Seq (анализ взаимодействия белок-ДНК, хроматин-иммунопреципитация - секвенирование), RNA-Seq (анализ транскриптома).
  3. MiSeq (Illumina)
    Назначение: секвенирование ДНК, РНК
    Описание: Принцип секвенирования основан на технологии Solexa, включающей обогащение методом bridge-ПЦР на проточном чипе, секвенирование методом синтеза (SBS) с использованием флуоресцентно-меченных нуклеотидов и детекцию света флуоресценции от кластеров ДНК.
    Основные области применения:
    • ресеквенирование ампликоновых библиотек;
    • проверка результатов клонирования и генной модификации;
    • мультиплексное высокопроизводительное секвенирование малых геномов (например, микроорганизмов);
    • таргетное высокопроизводительное секвенирование геномов для анализа генетически-ассоциированных болезней;
    • поиск мутаций;
    • HLA-типирование;
    • секвенирование малых РНК;
    • эпигенетические исследования, анализ профиля метилирования;
    • целевое ресеквенирование и секвенирование de novo и т. д.
  4. GeneAtlas
    Назначение: измерение экспрессии генов на микрочипах
    Описание: прибор предназначен для анализа экспрессии генов с использованием гибридизационных чипов высокой плотности. GeneAtlas™ позволяет анализировать транскрипты практически всех известных генов множества организмов одновременно для 4-х образцов.
    Система включает в себя всё необходимое для проведения исследований — от комплектов реагентов и гибридизационных чипов до оборудования и комплексного программного обеспечения для обработки данных:
    • Гибридизационная камера.
    • Роботизированная станция для отмывки и мечения флуорофором микрочипов.
    • Сканер микрочипов.
    • ПО для управления процессом обработки чипов и анализа данных.
  5. Амплификаторы
    Назначение: проведение ПЦР, кПЦР
    Описание:
    • приборы для проведения кПЦР: BioRad CFX-96; StepOne Applied biosystems
    • приборы для обычной ПЦР: Applied biosystems Veriti

Проекты в работе

  1. НИОКР «Разработка технологии и организация производства высокотехнологичной платформы персонализированной диагностики и индивидуального подбора терапии для лечения рака», госконтракт МПТ Рис1. Схема процесса
  2. «Тройной негативный рак молочной железы - пилотное исследование», грант компании Pfizer

Достижения

  1. Грант компании Pfizer «Тройной негативный рак молочной железы - пилотное исследование»
  2. Минигрант от Сколково

Конференции

Участие сотрудников в конференциях (начиная с 2011 года):

  1. XVII Российский онкологический конгресс при участии ASCO, ESMO, ESGO. 12-14 ноября 2013г., Москва. 13 ноября, сессия «Персонализированная таргетная терапия на основе современных методов молекулярно-генетических исследований. Проблемы и перспективы», доклад «Индивидуализированные подходы, основанные на геномном секвенировании (Next Generation Sequencing): Готовы ли мы интегрировать их в клиническую практику?» докладчик Никольская Т.А.
  2. XVII Российский онкологический конгресс. 12-14 ноября 2013 г., Москва. 12 ноября, сессия «Сколковские стартапы: прорывные технологии в диагностике и лечении онкологических заболеваний», доклад: «Внедрение технологии для ранней диагностики, подбора индивидуальных комбинаций препаратов и персонализированной медицины в области онкологических заболеваний в России», докладчик Никольская Т.А.
  3. III ежегодная международная научно-практическая конференция. 18 ноября 2013 г., Долгопрудный. Доклад «Системная биология сложных заболеваний человека на примере колоректального рака», докладчик Никольская Т.А.
  4. VI Петербургский Международный Инновационный Форум. 2-4 октября 2013 г., Санкт-Петербург. VC Day Ingria Future Science, докладчик Денисенко Е.
  5. VIII Всероссийская научно-практическая конференция с международным участием «Молекулярная диагностика – 2014», 18-20 марта 2014 г., докладчик НикольскаяТ.
  6. 2014 BIO International Convention

Публикации

  1. Fonstein M., Nikolskaya T., Zaporojets D., Nikolsy Y., Kulakauskas S., Mironov A. Tn10-mediated inversions fuse uridine phosphorylase (udp) and rRNA genes of Escherichia coli. J Bacteriol. 1994 Apr; 176(8):2265-71
  2. Nikolskaya T. A., Fonstein M. Y., and Haselkorn R. 1995. Alignment of a 1.2 Mb chromosomal region from three strains of Rhodobacter capsulatus reveals a significantly mosaic structure. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, vol. 92, p. 10609-10613
  3. M. Fonstein, E. G. Koshy, T. Nikolskaya, P. Mourachov and R. Haselkorn. 1995. Refinement of the high-resolution physical and genetic map of Rhodobacter capsulatus and genome surveys using blots of the cosmid encyclopedia. The EMBO Journal, vol 14, no8, pp1827-1841
  4. M. Fonstein, E. G. Koshy, V. Kumar, P. Mourachov, T. Nikolskaya, M. Tsifansky, S. Zheng, and Robert Haselkorn. 1997. Physical map of the genome of Rhodobacter capsulatus SB1003. In the book: “Bacterial Genomes: Physical Structure and Analysis”, ed F. J. de Bruijn, J. R. Lupski, G. Weinstock. Chapter # 75, p. 723-729.
  5. M. Fonstein, T. Nikolskaya, Y. Kogan, and R. Haselkorn. 1998. Genome encyclopedias and their use for comparative analysis of Rhodobacter capsulatus strains. The Electrophoresis Journal, vol19, pp1-9.
  6. T. Nikolskaya, O.Zagnitko, G. Tevzadze, R. Haselkorn and P. Gornicki. 1999. Herbicide sensitivity determinant of wheat plastid acetyl-CoA carboxylase is located in a 400-amino acid fragment of the carboxyltransferase domain. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, vol 96, pp 14647-14651.
  7. Korolev D, Balakin KV, Nikolsky Y, Kirillov E, Ivanenkov YA, Savchuk NP, Ivashchenko AA, Nikolskaya T. Modeling of human cytochrome p450-mediated drug metabolism using unsupervised machine learning approach. J Med Chem. 2003 46(17), 3631-3643.
  8. Bugrim A, Nikolskaya T, Nikolsky Y. Early prediction of drug metabolism and toxicity: systems biology approach and modeling. Drug Discov Today. 2004 Feb 1;9(3):127-35
  9. Phillips NB, Nikolskaya T, Jancso-Radek A, Ittah V, Jiang F, Singh R, Haas E, Weiss MA. Sry-directed sex reversal in transgenic mice is robust with respect to enhanced DNA bending: comparison of human and murine HMG boxes. Biochemistry. 2004 Jun 8;43(22):7066-81.
  10. Balakin KV, Ekins S, Bugrim A, Ivanenkov YA, Korolev D, Nikolsky YV, Ivashchenko AA, Savchuk NP and Nikolskaya T, Quantitative structure-metabolism relationship of the metabolic N-dealkylation reaction rates, Drug Metab. Dispos. 2004, 32,10, 1111-1120
  11. Balakin KV, Ekins S, Bugrim A, Ivanenkov YA, Korolev D, Nikolsky Y, Skorenko SA, Ivashchenko AA, Savchuk NP and Nikolskaya T, Kohonen maps for prediction of binding to human cytochrome P450 3A4. Drug Metab. Dispos. 2004, 32,10, 1183-1189
  12. Nikolsky Y., Rakhmatulin E., Bryant J, Nikolskaya T. Systems Level Network Analysis of OMICs Data. Gen. Eng. News, 2005, 25 , 1, 28-29
  13. Ekins S, Kirillov E, Rakhmatulin E and Nikolskaya T, A Novel Method for Visualizing Nuclear Hormone Receptor Networks Relevant to Drug Metabolism, Drug Metab. Dispos. 2005, 33, 3, 474-481
  14. Ekins S, Bugrim A, Nikolsky Y and Nikolskaya T, Systems biology: applications in drug discovery. In: Gad, S, Drug Discovery Handbook, Wiley & Sons, 2005
  15. Ekins S, Andreyev S, Ryabov A, Kirillov E, Rakhmatulin EA, Bugrim A, Nikolskaya T. Computational prediction of human drug metabolism. Expert Opin Drug Metab Toxicol. 2005 Aug;1(2):303-24
  16. Nikolsky Y., Nikolskaya T., Bugrim A. Biological Networks and Analysis of Experimental Data in Drug Discovery. Drug Discov. Today, Drug Discov Today. 2005 May 1;10(9):653-62.
  17. Nikolsky Y., Ekins S., Nikolskaya T., Bugrim A. A novel method for generation of signature networks as biomarkers from complex high-throughput data. Tox. Letters, 2005, 158, 20-29
  18. Ekins S, Nikolsky Y, Nikolskaya T. Techniques: application of systems biology to absorption, distribution, metabolism, excretion and toxicity. Trends Pharmacol Sci. 2005 Apr;26(4):202-9.
  19. Soreghan BA, Lu BW, Thomas SN, Duff K, Rakhmatulin EA, Nikolskaya T, Chen T, ang AJ. Using proteomics and network analysis to elucidate the consequences of synaptic rotein oxidation in a PS1 + AbetaPP mouse model of Alzheimer's disease. J Alzheimers Dis. 2005 Dec;8(3):227-41
  20. Ekins S, Andreyev S, Ryabov A, Kirillov E, Rakhmatulin EA, Sorokina S, Bugrim A, Nikolskaya T. A combined approach to drug metabolism and toxicity assessment. Drug Metab Dispos. 2006 Mar;34(3):495-503.
  21. Nikolsky Y., Ekins S., Bugrim A., Nikolskaya T. Pathway and networks analysis tools for high-throughput data. Book chapter in: High Content Screening: A Powerful Approach to Systems Cell Biology and Drug Discovery. Humana Press, 2006.
  22. Ekins S, Bugrim A, Brovold L, Kirillov E, Nikolsky Y, Rakhmatulin E, Sorokina S, Ryabov A, Serebryiskaya T, Melnikov A, Metz J, Nikolskaya T. Algorithms for network analysis in systems-ADME/Tox using the MetaCore and MetaDrug platforms. Xenobiotica. 2006 Oct-Nov;36(10-11):877-901.
  23. Y. Nikolsky, J. Bryant, T. Nikolskaya. Systems Biology Tools Get Personal. Genet. Eng. News, 26, 21, 36-38, 2006
  24. Ekins S., Nikolsky Y., Bugrim A., Kirillov E., Nikolskaya T. Pathway mapping tools for analysis of high content data. Book chapter in “High Content Screening” handbook, Series “methods Mol. Biol.”, Humana Press, 2006 cited 152 times
  25. Thomas, S. N., Lu, B.-W., Nikolskaya, T., Nikolsky, Y. and Yang, A. J. MudPIT (Multidimensional Protein Identification Technology) for Identification of Post-Translational Protein Modifications in Complex Biological Mixtures. Book chapter in "Redox Proteomics: From Protein Modifications to Cellular Dysfunction and Diseases" John Wiley & Sons, 2006
  26. Ekins S, Nikolsky Y, Bugrim A, Kirillov E, Nikolskaya T. Pathway mapping tools for analysis of high content data. Methods Mol Biol. 2007;356:319-50.
  27. Shipitsin M, Campbell LL, Argani P, Weremowicz S, Bloushtain-Qimron N, Yao J, Nikolskaya T, Serebryiskaya T, Beroukhim R, Hu M, Halushka MK, Sukumar S, Parker LM, Anderson KS, Harris LN, Garber JE, Richardson AL, Schnitt SJ, Nikolsky Y, Gelman RS, Polyak K. Molecular definition of breast tumor heterogeneity. Cancer Cell. 2007 Mar;11(3):259-73. – cited 694 times
  28. Wood L.A., Parsons D.W., Jones S., Lin J., Sjoblom T., Leary R.J., Shen D., Barber T., Ptak J., Silliman N., Szabo S., Dezso Z., Ustyansky V., Nikolskaya T., Nikolsky Y., Karchin A., Wilson P.A., Kaminker J.S., Zhang Z., Croshaw R., Willis J., Dawson D., Willson J.K.V., Park B.H., Hartigan J., Papadopoulos N., Buckhaults P., Markowitz S.D., Parmagiani G., Kinzler K.W., Velculescu V.E., Vogelstein B. The genomic landscapes of human breast and colorectal cancers. Science, 16, 318, 1108-13, 2007 – cited 1565 times
  29. Kleemann R, Verschuren L, van Erk MJ, Nikolsky Y, Cnubben NH, Verheij ER, Smilde AK, Hendriks HF, Zadelaar S, Smith GJ, Kaznacheev V, Nikolskaya T, Melnikov A, Hurt-Camejo E, van der Greef J, van Ommen B, Kooistra T. Atherosclerosis and liver inflammation induced by increased dietary cholesterol intake: a combined transcriptomics and metabolomics analysis. Genome Biol. 2007;8(9):R200
  30. R.Kleemann, L.Verschuren; M.J. van Erk, N.H.P.Cnubben, E.R. Verheij, A.K. Smilde, H.F.J. Hendriks, G. Smith; J.van der Greef, V. Kaznacheev, A. Melnikov , T. Nikolskaya, Y. Nikolsky, E.Hurt-Camejo; B.van Ommen, and T.Kooistra, Atherosclerosis and liver inflammation induced by increased dietary cholesterol intake: a combined transcriptomics and metabolomics analysis.
    Genome Biol. 2007 Sep 24;8(9):R200 [Epub ahead of print]
  31. Perlina A., Nikolskaya T., Nikolsky Y. Methodology of functional analysis for OMICs data normalization. Book chapter in “Methods in Microarray Normalization” Drug Discovery Series, CRC Press, Editor Phillip Stafford, UK, 2008.
  32. Thomas S.N., Lu B-W., Nikolskaya T., Nikolsky Y., Yamg A.J. MudPIT (Multidimensional Protein Identification technology) for identification of post-translational protein modificationsin complex biological mixtures. 233-253. Redox proteomics: from Protein Modifications to Cellular Disfunction and Diseases. Willey – Interscience series on Mass Spectrometry. Editors D. M. Desiderio, N. Nimbering, 2008
  33. Shi W., Bugrim A., Nikolsky Y., Nikolskaya T., Brennan R.J.. Characteristics of genomic signatures derived using univariate methods and mechanistically-anchored functional descriptors for predicting drug and xenobiotic-induced nephrotoxicity. Tox. Mechanisms and Methods, 2008, 18, 2, 267-76
  34. Bloushtain-Qimron N, Yao J, Snyder EL, Shipitsin M, Campbell LL, Mani SA, Hu M, Chen H, Ustyansky V, Antosiewicz JE, Argani P, Halushka MK, Thomson JA, Pharoah P, Porgador A, Sukumar S, Parsons R, Richardson AL, Stampfer MR, Gelman RS, Nikolskaya T, Nikolsky Y, Polyak K. Cell type-specific DNA methylation patterns in the human breast. Proc. Natl. Acad.Sci.USA, e-publication Sept. 9, 2008
  35. Jones S, Zhang X, Parsons DW, Lin JC, Leary RJ, Angenendt P, Mankoo P, Carter H, Kamiyama H, Jimeno A, Hong SM, Fu B, Lin MT, Calhoun ES, Kamiyama M, Walter K, Nikolskaya T, Nikolsky Y, Hartigan J, Smith DR, Hidalgo M, Leach SD, Klein AP, Jaffee EM, Goggins M, Maitra A, Iacobuzio-Donahue C, Eshleman JR, Kern SE, Hruban RH, Karchin R, Papadopoulos N, Parmigiani G, Vogelstein B, Velculescu VE, Kinzler KW. Core Signaling Pathways in Human Pancreatic Cancers Revealed by Global Genomic Analyses. Science, 2008, Sept. 4. E-publication ahead of print – Cited 1318 times
  36. Parsons DW, Jones S, Zhang X, Lin JC, Leary RJ, Angenendt P, Mankoo P, Carter H, Siu IM, Gallia GL, Olivi A, McLendon R, Rasheed BA, Keir S, Nikolskaya T, Nikolsky Y, Busam DA, Tekleab H, Diaz LA Jr, Hartigan J, Smith DR, Strausberg RL, Marie SK, Shinjo SM, Yan H, Riggins GJ, Bigner DD, Karchin R, Papadopoulos N, Parmigiani G, Vogelstein B, Velculescu VE, Kinzler KW. An Integrated Genomic Analysis of Human Glioblastoma Multiforme. Science, 2008, Sept. 4. E-publication ahead of print – Cited 1871 times
  37. Hu M, Yao J, Carroll DK, Weremowicz S, Chen H, Carrasco D, Richardson A, Violette S, Nikolskaya T, Nikolsky Y, Bauerlein EL, Hahn WC, Gelman RS, Allred C, Bissell MJ, Schnitt S, Polyak K. Regulation of in situ to invasive breast carcinoma transition. Cancer Cell. 2008 May;13(5):394-406 – Cited 199 times
  38. Bugrim A., Dezso Z., Nikolsky Y., Nikolskaya T. Integrative pathway analysis of disease molecular data. Book chapter in “Pathway Analysis for Drug Discovery”, p. 121-148. Willey & Sons, 2008
  39. Leary R.J., Cummins J., Boca S., Wood L., Parsons D.W., Jones S., Sjoblom T., Park B-H., Parsons R., Jones S., Dawson D., Willson J.K.V., Nikoskaya T., Nikolsky Y., Kopelovich L., Papadopoulos N., Pennacchio L.A., Wang T-L., Markowitz S.D., Parmigiani G., Kinzer K.W., Vogelstein B., Velculescu V.E. Integrated analysis of homozygous deletions, focal amplifications and sequence alterations in breast and colorectal cancers. Proc. Natl. Acad. Sci., 2008, October 21; 105(42):16224-9 Cited 159 times
  40. Nikolsky Y., Sviridov E., Yao J., Dosymbekov D., Ustyansky V., Kaznacheev V., Sezso Z., Mulvey L., Macconaill L., Winckler W., Serebryislaya T., Nikolskaya T., Polyak K. Genome-wide functional synergy between amplified and mutated genes in human breast cancer. Cancer Research, 2008, E-publication ahead of print Nov. 15, 2008
  41. Zoltan Dezso, Yuri Nikolsky, Evgeny Sviridov, Weiwei Shi, Tatiana Serebriyskaya, Damir Dosymbekov, Andrej Bugrim, Eugene Rakhmatulin, Richard J. Brennan, Alexey Guryanov, Kelly Li, Julie Blake, Raymond S. Samaha, Tatiana Nikolskaya. A comprehensive functional analysis of tissue specificity of human gene expression. BMC Biology, 6:49, 2008
  42. Dezso Z, Nikolsky Y, Nikolskaya T, Miller J, Cherba D, Webb C, and Bugrim A. Identifying disease-specific genes based on their topological significance in protein networks, BMC Systems Biology, 2009, Mar 23;3:36
  43. Nikolsky Y., Kirillov E., Zuev R., Rakhmatulin E., Nikolskaya T. “Functional analysis of OMICs data and small molecule compounds in an integrated “knowledge-based” platform”. Methods Mol Biol. 2009;563:177-96.
  44. Yuri Nikolsky, Eugene Kirillov, Roman Zuev, Eugene Rakhmatulin, Tatiana Nikolskaya. Functional analysis of OMICs data and small molecule compounds in an integrated “knowledge-based” platform. Book chapter in the book “Protein networks and pathway analysis” , Humana Press, UK, 2009
  45. Dezso Z., Bugrim A., Brennan R.J., Nikolsky Y., Nikolskaya T. Statistical methods for functional analysis of ‘omics experimental data, in Genomics: Fundamentals and Applications (S. Choudhuri and D.B. Carlson, eds.). Informa Healthcare, NY, 2009
  46. Thomas R.S., Bao W., Chu T-M., Bessarabova M., Nikolskaya T., Nikolsky Y., Andersen M-E., , Wolfinger R.D. Use of Short-term Transcriptional Profiles to Assess the Long-term Cancer-Related Safety of Environmental and Industrial Chemicals: I. Development of Predictive Statistical Models. Toxicol Sci. 2009 Sep 23. [Epub ahead of print]
  47. Nikolskaya T.; Nikolsky Y.; Kirillov E., Rahmatulin E., Sorokina S., Serebryiskaya T., Ekins S. Bugrim A., Novikov D., Ivanov D., Brodianski V., Agapova O.; Hernandez R.; Shestopalov V. Comprehensive Network Analysis of Glaucoma Pathophisiology. BMC Med Genomics, 2009, May 9;2:24
  48. Piruzian ES, Ishkin AA, Nikolskaya TA, Abdeev RM, Bruskin SA The comparative analysis of psoriasis and Crohn disease molecular-genetical processes under pathological conditions.Mol Biol (Mosk). 2009 Jan-Feb;43(1):175-9.
  49. Brentnall TA, Pan S, Bronner MP, Crispin DA, Mirzaei H, Cooke K, Tamura Y, Nikolskaya T, Jebailey L, Goodlett DR, McIntosh M, Aebersold R, Rabinovitch PS, Chen R. Proteins That Underlie Neoplastic Progression of Ulcerative Colitis. Proteomics Clin Appl. 2009 Sep 14;3(11):1326
  50. Shi W., Tsyganova M., Dosymbekov D., Dezso Z., Nikolskaya T. Dudoladova M. Serebryiskaya T., Guryanov A., Brennan R., Shah R., Dopazo J., Chen M., Deng Y. Shi Y., Jurman G., Furlanello G., Thomas R.S., Corton J.C.; Tong W., Shi L., Nikolsky Y. Functional analysis of multiple genomic signatures demonstrates that classification algorithms choose phenotype-related genes. Pharmacogenomics J, 2010, 10,4, 310-23
  51. Huang J., Shi W., Zhang J., Chou J.W., Paules P.S., Gerrish K., Li J., Luo J., Wolfinger R.D., Bao W., Chu T-M., Nikolsky Y., Nikolskaya T., Dosymbekov D., Tsyganova M.O., Shi L., Fan X., Corton J.C., Chen M., Cheng Y., Tong W., Fang H., Bushel P.R. Genomic indicators in the blood predict drug-induced liver injury. Pharmacogenomics J, 2010, 10, 267-77
  52. Popovici V., Hatzis C., Weijie C., Shi W., Gallas B.G., Nikolsky Y., Tsyganova M., Iskhin A., Nikolskaya T., Hess K.R., Valero V., Booser D., Delorenzi W., Hortobagyi G.W., Symmans F.W., Shi L., Pusztai L. Comparison of genomic predictors across a range of classification problems in human breast cancer data. Breast Cancer Res. 2010 Jan 11;12(1):R5. [Epub ahead of print]
  53. Fang X., Lobenhofer E.K., Chen M. Shi W., Huang J., Luo J., Zhang J., Walker S., Chu T-M., Li L., Wolfinger R., Bao W., Paules R.S., Bushel P.R., Li J., Shi T., Nikolskaya T., Nikolsky Y., Hong H., Deng Y., Cheng Y. Fang H., Shi L., Tong W. Consistency of Predictive Signature Genes and Classifiers Generated Using Different Microarray Platforms. The Pharmacogenom. J., 2010, 10, 247-57
  54. The MicroArray Quality Control (MAQC) Consortium. The MicroArray Quality Control (MAQC)-II study of common practices for the development and validation of microarray-based predictive models. Nat Biotechnol. 2010 Aug;28(8):827-38. Epub 2010 Jul 30. Cited 190 times.
  55. Bessarabova M., Kirillov E., Shi W., Bugrim A., Nikolsky Y., Nikolskaya T. Bimodal gene expression patterns in breast cancer. BMC Genomics, 2010, Feb 10;11 Suppl 1:S8.
  56. Piruzian E., Bruskin S., Ishkin A., Abdeev R,, Moshkovskii S., Melnik S., Nikolsky Y., Nikolskaya T. Integrated network analysis of transcriptomic and proteomic data in psoriasis. BMC Systems Biology, 2010, Apr 8; 4:41
  57. Wu ZJ, Meyer CA, Choudhury S, Shipitsin M, Maruyama R, Bessarabova M, Nikolskaya T, Sukumar S, Schwartzman A, Liu JS, Polyak K, Liu XS. Gene expression profiling of human breast tissue samples using SAGE-Seq. Genome Res. 2010 Dec;20(12):1730-9. Epub 2010 Nov 2.
  58. Nikolsky Y., Bessarabova M., Kirillov E., Dezso Z., Nikolskaya T. Pathways and networks as functional descriptors for human disease and drug response endpoints. In: Applied Statistics for Network Biology; Methods in Systems Biology, Wiley – VCH Verlag, 2011, p. 416-42
  59. Bessarabova M., Poustovalova O., Shi W., Serebrijskaya T., Polyak K., Velculescu V.E., Nikolskaya T., Nikolsky Y. Functional synergies yet distinct modulators affected by genetic alterations in common human cancers., 2011, Cancer Res., 71(10):3471-81
  60. Maruyama R., Choudhury S., Kowalczyk A., Bessarabova M., Conway T., Nikolskaya T., Wu Z., Lo P-K, Liu X.S., Nikolsky Y., Sukumar S., Haviv I., Polyak K. Epigenetic regulation of cell type-specific expression patterns in the human mammary epithelium. PLoS Genet. 2011 Apr; 7(4):e1001369.
  61. Marotta L.L.C., Almendro V., Marusik A., Shipitsin M., Schemme J., Walker S.R., Bloushtain-Qimron N., Kim J.J., Choudhury S.A., Maruyama R., Wu Z., Gonen M., Mulvey L.A., Bessarabova M.O., Huh S.J., Silver S.J., Kim S.Y., Park S. Y., Lee H.F., Abdersn K.S., Richardson A.L., Nikolskaya T., Nikolsky Y., Liu X.S., Root D.E., Hahn W.C., Frank D.A., Polyak K. Signaling pathways required by CD44+.CD24_ stem-cell-like breast cancer cells in human tumors. J Clin Invest. 2011, Jul 1;121(7)
  62. M. Bessarabova, T. Nikolskaya, Y. Nikolsky. The tale if underlying biology. Functional analysis of multi-variant gene classifiers (gene signatures) in MAQCII project. In: Handbook of Personalized Medicine. Drug Delivery & Therapy. Pan Stanford Publishing, 2012, in press.
  63. Malchenko S, Seftor EA, Nikolsky Y, Hasegawa SL, Kuo S, Stevens JW, Poyarkov S, Nikolskaya T, Kucaba T, Wang M, Abdulkawy H, Casavant T, Morcuende J, Buckwalter J, Hohl R, Deyoung B, Kernstine K, Bonaldo Mde F, Hendrix MJ, Soares MB, Soares VM. Putative multifunctional signature of lung metastases in dedifferentiated chondrosarcoma. Sarcoma. 2012;2012:820254. Epub 2012 Feb 16.
  64. E. Myshkin, R. Brennan, T. Khasanova, T. Serebryiskaya, T. Sitnik, E. Litvinova, A. Guryanov, Y, Nikolsky, T. Nikolskaya, S. Bureeva. Prediction of organ toxicity endpoints by QSAR modeling based on precise chemical-histopathology annotations", Chem. Biol. & Drug Design, 2012, Sep;80(3):406-16. Epub 2012 Jun 27.
  65. Bessarabova M., Ishkin A.,JeBailey L., Nikolskaya T., Nikolsky Y. Knowledge-based analysis of proteomics data. BMC Proteomics, 2012, 13(Suppl 16):S13
  66. Marina Bessarabova, Tatiana Nikolskaya, and Yuri Nikolsky. The Tale of Underlying Biology: Functional Analysis of Multivariant Gene Classifiers (Gene Signatures) in the MAQCII Project in Handbook of Personalized Medicine: Advances in Nanotechnology, Drug Delivery and Therapy, 2012 http://www.amazon.com/Handbook-Personalized-Medicine-Advances-Nanotechnology/dp/9814411191
  67. Choudhury S, Almendro V, Merino VF, Wu Z, Maruyama R, Su Y, Martins FC, Fackler MJ, Bessarabova M, Kowalczyk A, Conway T, Beresford-Smith B, Macintyre G, Cheng YK, Lopez-Bujanda Z, Kaspi A, Hu R, Robens J, Nikolskaya T, Haakensen VD, Schnitt SJ, Argani P, Ethington G, Panos L, Grant M, Clark J, Herlihy W, Lin SJ, Chew G, Thompson EW, Greene-Colozzi A, Richardson AL, Rosson GD, Pike M, Garber JE, Nikolsky Y, Blum JL, Au A, Hwang ES, Tamimi RM, Michor F, Haviv I, Liu XS, Sukumar S, Polyak K. Molecular profiling of human mammary gland links breast cancer risk to a p27(+) cell population with progenitor characteristics. Cell Stem Cell. 2013 Jul 3;13(1):117-30. doi: 10.1016/j.stem.2013.05.004. Epub 2013 Jun 13.

Контактные данные